ஒருசமயம் இந்திரன், ததீசி முனிவரின் முதுகெலும்பை வஜ்ராயுதமாக்கி விருத்திராசுரனை கொன்றான். முனிவரின் அனுமதி பெற்று எடுத்தாலும் இந்திரனை பிரம்மஹத்தி தோஷம் பீடித்தது. அதனால் பிரம்மதேவரின் ஆலோசனைப்படி, இத்தலத்திற்கு வந்து தீர்த்தம் ஒன்றை உருவாக்கி, சிவபூஜை செய்து வழிபட்டு தோஷம் நீங்கப் பெற்றான். கோடு - கரை. குளம் உருவாவதற்கு கோடு போட்டதால் இத்தலம் 'கோட்டூர்' என்ற பெயர் பெற்றது.

மூலவர் 'கொழுந்தீஸ்வரர்' என்னும் திருநாமத்துடன், மேற்கு திசை நோக்கி, பெரிய லிங்க வடிவில் காட்சி தருகின்றார். அம்பிகை 'தேனாம்பிகை' மற்றும் 'மதுரவசனாம்பிகை' ஆகிய திருநாமங்களுடன் கிழக்கு நோக்கி தரிசனம் தருகின்றாள். இவ்வாறு சுவாமியும் அம்பாளும் எதிர்எதிர் திசையில் காட்சியளிப்பது ஒருசில தலங்களில் மட்டுமே உள்ளது.

பிரகாரத்தில் விநாயகர், சூரியன், சந்திரன், ஸ்ரீதேவி, பூதேவி சமேத மஹாவிஷ்ணு, நால்வர் பெருமக்கள், வீரபத்திரர், அரம்பை, உமா மகேஸ்வரர், பிரதோஷ மூர்த்தி, துர்க்கை, வள்ளி, தேவசேனை சமேத சுப்பிரமண்யர், மகாலட்சுமி ஆகியோர் தரிசனம் தருகின்றனர்.

ஒருசமயம் இந்திரனால் சாபம் பெற்ற ரம்பை பூலோகம் சென்றாள். சாப விமோசனம் பெறுவதற்கு இத்தலத்திற்கு வந்து இடதுகாலை ஊன்றி, வலது காலை மடித்து, அதில் இடது கையை வைத்து, வலது கையை தலைக்கு மேல் வைத்து அக்னியில் நின்று தவம் செய்தாள். ரம்பையின் தவத்திற்கு இரங்கிய சிவபெருமான் காட்சி தந்து மீண்டும் தேவலோகம் செல்லும் வரம் கொடுத்தார். அதனால் இத்தலத்தில் ரம்பையின் திருவுருவம் உள்ளது.

இக்கோயிலுக்குக் கிழக்கே அரை கி.மீ. தொலைவில் 'கீழ்க்கோட்டூர் மணியம்பலம்' என்னும் திருவிசைப்பா திருத்தலம் உள்ளது.

திருஞானசம்பந்தர் ஒரு பதிகம் பாடியுள்ளார். இக்கோயில் காலை 5 மணி முதல் மதியம் 11.30 மணி வரையிலும், மாலை 5 மணி முதல் இரவு 8.30 மணி வரையிலும் திறந்திருக்கும்.